Το Ειδικό Σχολείο «Άγιος Σπυρίδωνας» πρωτολειτούργησε το 1968 με την ονομασία «Σχολή Ασκησίμων Παιδιών Λάρνακας» με οκτώ παιδιά και ένα δάσκαλο. Η Σχολή αρχικά στεγάστηκε στο χώρο του Δημοτικού Σχολείου Αγίου Γεωργίου.
Βασικός σκοπός του Ειδικού Σχολείου ήταν η παροχή εκπαίδευσης σε παιδιά με ειδικές ανάγκες της πόλης και επαρχίας Λάρνακας, τα οποία, λόγω των νοητικών τους δυνατοτήτων, δεν ήταν σε θέση να παρακολουθήσουν το πρόγραμμα των δημοτικών σχολείων.
Το 1981 το Σχολείο μεταστεγάστηκε σε καινούριο σύγχρονο κτίριο, που κτίστηκε με δαπάνες της Υπάτης Αρμοστείας των Ηνωμένων Εθνών για τους πρόσφυγες, σε χώρο που δώρισε η Ιερά Μονή Αγίου Γεωργίου Κοντού.
Το 2002 έγινε επέκταση του σχολείου με δαπάνες του Υπουργείου Παιδείας και Πολιτισμού, λόγω αύξησης των μαθητών και των γενικότερων αναγκών του σχολείου. Το 2011 πραγματοποιήθηκε ανακαίνιση του κτιρίου για επέκταση και εκσυγχρονισμό του σχολείου.